在跨境公司股权转让中，税务处理需结合两地法律进行综合判断。以下是对该问题的详细分析：
1. 香港税法视角：股权转让所得是否属于应税收入？
根据《香港税务条例》，香港对“源自香港的利润”征税。若转让的是内地公司的股权，且交易发生地及收益来源均在内地，则该笔收益不属于香港应税范围。
2. 中国税法视角：非居民企业是否需缴纳企业所得税？
根据《中华人民共和国企业所得税法》第三条第三款，非居民企业在我国未设立机构、场所，或虽设立但与所得无实际联系的，应就其来源于中国的所得缴纳企业所得税。
- 适用税率：一般为20%，但根据《企业所得税法实施条例》第九十一条，符合条件的所得可按10%征收。
- 计税依据：以股权转让收入减去资产净值后的余额作为应纳税所得额。
3. 税务责任主体与扣缴义务
根据《国家税务总局关于非居民企业所得税源泉扣缴管理有关问题的公告》（国税局〔2009〕3号），支付方（即购买方）有代扣代缴义务。
- 代扣代缴义务人：通常为境内公司，如案例中的Y有限公司。
- 申报流程：义务人应在合同签订后30日内向主管税务机关办理备案。
4. 不履行代扣代缴义务的后果
若义务人未履行代扣代缴义务，非居民企业应在付款或应付款之日起7日内自行申报纳税。逾期不缴的，税务机关可从其他付款人处追缴税款及滞纳金。
5. 特殊情况：跨境交易中双方均为非居民企业
若交易双方均为境外公司，且交易发生在境外，原则上无需在中国缴税。但若涉及中国境内资产或收益，仍需根据具体情况判断是否适用中国税法。
综上所述，境内有限公司股权转让给境外香港公司时，需结合交易实质、所得来源地及双方身份，综合评估税务责任。建议在交易前咨询专业税务顾问，确保合规操作。