注册香港有限公司在内地运营虽然具有一定的优势，但同时也存在一些限制和挑战。以下是其主要缺点：

1. 无法直接处理人民币业务

根据中国《公司法》规定，香港有限公司属于境外注册公司，不具备在中国大陆直接开展人民币业务的资格。因此，其主要业务模式是处理外汇交易，对于需要大量使用人民币结算的企业来说并不适用。

2. 无法提供销售发票

在国际贸易中，出口货物通常需要提供销售发票用于报关。而香港有限公司由于不具备国内进出口资质，无法直接开具销售发票。解决方案通常是通过“SOHO模式”购买其他公司的销售发票进行出口。

3. 缺乏进出口经营权

香港有限公司在内地没有进出口经营权，必须依赖有资质的贸易公司代理出口。虽然代理公司可以帮助完成发货和结算，但企业仍需自行管理利润和货款。

4. 信用证和D/P支付易出现不符

由于香港有限公司无法提供如FORMA、C/O、大使馆认证等文件，信用证（L/C）或付款交单（D/P）等支付方式容易因文件不全而被拒付。不过，只要能提供第三方发票，一般可避免此类问题。

5. 依赖代理机构运作

大多数企业选择通过代理机构注册和管理香港有限公司，包括开设离岸账户、年度申报等事务。这种依赖关系虽然带来便利，但也可能增加成本和管理复杂性。

总结：尽管香港有限公司在内地运营存在一些局限性，但通过合理的操作方式（如与代理公司合作、采用SOHO模式等），仍可有效规避部分问题。企业在决定注册前应充分评估自身需求和运营模式。