当内地客户因操作失误将应支付给深圳公司的款项误打入香港公司账户时，需采取合规、透明的方式处理该笔资金流动。以下为专业建议：
1. 确认资金来源与用途
首先，确认该笔款项的性质及用途，确保其不属于可疑交易或违反外汇管理规定的行为。
2. 通过合法途径转款至内地企业账户
若款项需转入内地企业账户，可通过以下方式处理：
- 银行转账：香港公司可将资金通过银行转账至内地企业账户，需提供相关贸易合同、发票等文件以符合外汇监管要求。
- 结汇操作：内地企业需具备外汇账户，并根据国家外汇管理局规定办理结汇手续。
3. 若需转入个人账户，注意合规限制
若款项需转入个人账户，需特别注意以下事项：
- 年度购汇额度：个人每年有5万美元的购汇额度，超出部分需提供额外证明材料。
- 资金来源说明：需提供收入来源证明，如劳务协议、服务合同等。
- 避免大额频繁转账：单笔金额不宜过大，建议控制在1万美元以内，以减少被监管机构关注的风险。
4. 考虑使用第三方跨境支付服务
如需更便捷的操作，可考虑通过正规跨境支付平台进行资金划转，但需确保该平台具备合法资质并遵守相关法规。
5. 建议咨询专业财务顾问
由于涉及跨境资金流动和外汇管理政策，建议在操作前咨询专业会计师或律师，确保所有操作符合当地法律法规。