在跨境股权转让中，税务处理涉及多个法律体系和税收政策。针对境内有限公司持有资产通过股权形式转让给境外香港有限公司的情况，以下为详细分析：

1. 香港利得税的适用性

根据《香港税务条例》，利得税适用于在香港经营业务并取得利润的企业。然而，若该香港公司仅通过股权转让获得收益，且该收益并非来源于香港，例如来自中国大陆的资产转让，则通常不适用香港利得税。

2. 中国企业所得税的适用性

根据《中华人民共和国企业所得税法》第三条第三项规定，非居民企业在中国境内无机构、场所，或虽有机构、场所但所得与该机构、场所无实际联系的，应就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。

  • 税率：非居民企业取得上述所得，适用税率为20%；但根据《企业所得税法实施条例》第91条规定，实际执行税率为10%。
  • 计税基础：以收入全额减去财产净值后的余额为应纳税所得额。

3. 税款扣缴义务人

根据《国家税务总局关于非居民企业所得税源泉扣除管理暂行办法》（国税发〔2009〕3号）的规定，支付款项的国内公司（即受让方）负有代扣代缴义务。

  • 扣缴时间：在签订合同后30日内向主管税务机关申报税务登记。
  • 未扣缴后果：若未依法扣缴，非居民企业应在支付或逾期支付之日起7日内自行申报纳税。

4. 实务建议

在进行跨境股权转让时，建议交易双方在协议中明确约定税款承担及扣缴责任，避免后续税务风险。同时，建议咨询专业税务顾问，确保符合相关法律法规。